植物园（しょくぶつえん、botanical garden），不只是单纯的花园，就像它的英文名字botanical garden（植物学花园）说得一样，主要为了给学术研究提供资料，从植物学的视点来看，根据特性来收集的植物，花卉，树木等作为活种栽培保存的一种公共设施。通常为了实现这个机能，都会设有苗圃，标本制作保存设施等。



近代日本的植物园，已经成为市民休息，或者说观光的设施，同时在人们的印象中，作为这种公共设施的印象也要比研究设施要强得多。但是从植物园的历史来看，植物为日本的植物学研究领域做出了相当大的贡献。另外，从各国的植物园历史来看都是这样的，围绕着植物园展开的与国家遗传资源息息相关的事件也时有发生。

日本国内既有大学及博物馆附属的以学术研究为目的的植物园，也有相对多数的面向市民公开的，比较大规模的植物园。市民可以在植物园里，观赏樱花，休闲纳凉，观赏红叶，感叹残冬，是市民生活中不可或缺的一部分。向市民广泛公开的设施，兼有启蒙和娱乐的双重作用，以休息场所性质存在的公园式设施是主流。在地方公共团体中负责的部门通常为公园课或者是观光课。所以在日本人的眼中，植物园作为国家遗传资源争夺据点的印象非常之浅。

下面简单介绍关东及关西的两处植物园：
新宿御苑
是横跨东京新宿区和涉谷区的大型花园。
在江户时代是内藤家的家宅。之后，变成宫内厅管理的花园，现在作为环境省管辖的国民公园而被广泛接受。每年4月上旬都会招待各界名人，召开由总理主持的“赏樱会”。夜间的赏樱不对一般人公开，只对政治家及政府的干部等开放。举行过大正天皇的丧礼，昭和天皇的丧礼等大型活动。虽说并不是个完全面向平民的植物园，但是想见各界名人的人，经常去看看也是不错的。

京都府立植物园
是在京都市左京区的植物园。
面积24公顷的巨大的园内，种植有大约12000种，12万株植物。设有能够看到日本四季花卉的花坛，洋式花园，及聚集有热带植物等温室等。北半边被叫做“半木的森林”，是利用与自然界相近的森林生态植物园。
京都府立植物园作为日本最初的公立植物园在1924年开园。